1.监考对象不同：恩科考试的监考老师就是皇帝本人，科举考试的监考老师是朝廷所派遣的官员。
2.出现时间不同：恩科出现于宋代，当时对于屡试不第又有些才能的考生，允许他们在皇帝策试时，报名参加附试。科举考试起源于隋朝，确立于唐朝，完备于宋朝。
3.录取率不同：皇帝为表示皇恩浩荡，对这类考生的录取率很高，甚至有时会出现在常规的状元之外另有恩科状元的情况。至于科举考试，录取率明显远远低于恩科，据说科举考试的录取率仅仅只有1.9%，由此可知科举考试多么艰难。
恩科属于科举的一种，是在特殊时间举行的科举考试，取得的功名受朝廷承认，与正规科举考试取得的功名并无差别。科举分为正科和恩科两种形式。恩科是指科举制度中于正科外皇帝特恩开科取士，始于宋代，明、清亦有此制，原为遇皇帝亲试时的专称，至清代也用于逢朝廷庆典时的科举考试，若正科与恩科合并举行，则称为恩正并科。
