密闭操作，全面通风，戴直接式防毒面具戴化学安全防护眼镜，穿防腐工作服，戴橡胶手套。次氯酸按要储存于阴凉、通风的库房。远离火种、热源。库温不宜超过30℃。应与酸类分开存放，切忌混储。储区应备有泄漏应急处理设备和合适的收容材料。

次氯酸钠分解反应的关键步骤是原子氧的放出，而光照或加热有利于原子氧的生成。研究表明，当温度低于25℃时分解缓慢，温度高于30℃时分解速度明显加快。光照20h，有效氯会降解90%。另外，次氯酸钠分解生成的O2，Cl2都是气体物质，长时间密闭保存会给包装容器带来危险。
因此次氯酸钠的包装容器都要留出放气孔，以防止发生安全事故；保存的环境应尽量在低温、避免阳光直射，这样可有效地降低分解速度；不可以与还原剂、有机物和酸类一起保存或运输，以防其发生泄露后发生二次意外。
