农业设施用地审批流程如下：
由经营者提交意向申请和设施建设方案，包括设施名称、建设位置、用地规模、主要功能、利用方式、附属设施、配套设施等内容，涉及补划永久基本农田的，须经县级自然资源主管部门同意后动工建设。
设施农业用地由农村集体经济组织或经营者向乡镇政府备案，乡镇政府定期汇总情况后汇交至县级自然资源主管部门。
对设施建设方案及附属设施、配套设施等涉及补划永久基本农田的，县级自然资源主管部门需对项目是否占用永久基本农田进行核查，并征求农业农村主管部门意见。
以上内容仅供参考，不同地区的农业设施用地审批流程可能存在差异，如有需要，建议咨询当地相关部门。
