细胞分裂素与生长素是相互矛盾的。分裂素促进细胞分裂抑制生长。而芽要进一步发育就需要分裂而不只是生长。原本因为顶芽的生长素都运到侧芽了 所以抑制了它的细胞分裂 现在抹上细胞分裂素 促进它分裂 自然就解除顶端优势。
细胞分裂素的主要生理功能就是促进细胞的分裂。生长素、赤霉素 和细胞分裂素 都有促进细胞分裂的效应，但它们各自所起的作用不同。细胞分裂包括核分裂和胞质分裂两个过程，生长素只促进核的分裂(因促进了DNA的合成)，而与细胞质的分裂无关。而细胞分裂素主要是对细胞质的分裂起作用，所以，细胞分裂素促进细胞分裂的效应只有在生长素存在的前提下才能表现出来。而赤霉素促进细胞分裂主要是缩短了细胞周期中的G1期(DNA合成准备期)和S期(DNA合成期)的时间，从而加速了细胞的分裂。
细胞分裂素对生长素运输的一般影响将意味着这种作用是面对整个植物体的，它包括顶芽、侧芽和主茎。在侧芽活化期间，细胞分裂素可以上调细胞的分裂周期，并且这种作用在整个侧芽中是均匀的。由于CK在植物发育中的广泛作用，很难根据各种假设来推测细胞分裂素的作用位点。
细胞分裂素的受体在整个植物体中均有表达，并且CK会影响植物的多种表型，这样就难以独立研究CK在任何一种特定过程中的作用。
