秦时明每部都有衔接的。
第一部百步飞剑，主要是介绍天明、大叔、高月等；
第二部夜尽天明，是讲述了道家与秦国的争斗，自然会涉及到这些人物的情感啊，地位啊和背景等等；
第三部诸子百家主要是过渡的一部，起承上启下的作用。大部分都是回忆，将人物的过去展现出来，使故事更加丰富。但内容是相关的、也可能是伏笔、到后面就会串在一起。
第四部万里长城其实是讲天明、少羽、石兰三人进入蜃楼；
第五部君临天下，开头镜头一转转到了要刺杀李斯那帮刺客身上。事实上这两部仍然是连在一起的，只是以天明他们为角度的故事要随后才会再次出现。玄机经常这么干，在以前的剧集中也是如此。看到最后你会发现其实它们都是下一个要出场的事件的重要线索。
第六部沧海横流的剧情应该是发生在秦帝统治期结束的时候，据说这是秦时明月最后一部，诸子百家大部分都联合起来灭秦，而墨家的人几乎都会领饭盒，天明的身世之谜也会被彻底解释清楚。
还有个特殊篇《天行九歌》，这部动漫不是衔接君临天下篇，而是讲述了秦时明月系列的前传剧情，讲的是韩国韩非子创立刺客组织的剧情，而它在放映到2017年的时候还停更了几年，后半部一直放映到2019年，所以给大家造成了错觉：天行九歌是第6部，沧海横流是第7部，其实不是。
