一般修剪的季节在冬季或者是夏季都可以。但正常来说，一到二月份修剪是最好的，这个时候可以刺激花椒树的生长。修剪2年生的花椒树，直接把生长过旺或者是过密的枝条全部剪掉。重叠的枝条，相互竞争的枝条也要进行修剪，这样可以更好的改善通风条件，让光合作用更好，也可以让养分更快的积累。
第二年生长的花椒树还处在幼苗阶段。所以在第一年定杆的基础上修剪一点就可以了。在主枝条长到三四十厘米的时候，需要给它进行摘心，做好控梢工作。
二年花椒树修剪主要是冬季修剪和夏季修剪为主，冬季修剪主要是在落叶后到来年发芽这段时间，冬季修剪的重点在于刺激局部生长，对结果枝缩剪，对老枝短截，对密集枝条疏剪。
夏季修剪主要是生长季节，主要是控制新梢旺长，剪除掉密集枝、重叠枝、内膛枝，使养分积累。
