1、基因：选择品种时选择不当，很多品种基因中便含有水裂纹的性状，在选择种子的时候选择了带有水裂纹性状的品种。
防治：选择种子时要避开有水裂纹病害的品种，有水裂纹病的品种例如有富士等，选种之后对种子进行消毒再进行播种。
2、天气：天气的突然变化对果树的危害很大，例如连续高温的情况下土壤灌大水，使果树无法及时适应，导致发生水裂纹。
防治：做好所有突变天气的应对措施，及时关注天气变化情况，在天气变化之前做好准备，例如准备好降温防风设施。
3、土壤：土壤中水分变化情况过大，管理不当，例如天气原因一般，连续缺水的情况下，突然遇暴雨或者是人工浇灌没有控制用量，苹果适应不及，或者是土壤的保水性不强，使水分大量流失，而且还极易出现涝害，对果树的生长伤害非常大，导致发生水裂纹。
防治：保持土壤的干湿度，不宜忽湿忽干，干旱及时浇水，暴雨及时排水，积极处理所有突变情况。保水性不强的土壤要想办法增强，促进墒情，减少水裂纹发病率。
4、施肥：施肥方法错误，或是肥料不对，长时间施用单一的肥料或者是过度施用，使果树营养吸收受阻，不平衡。并且会降低果树的抵抗性，特别是未充分腐熟的农家肥，对果实的生长会造成极大的危害。
防治：肥料营养成分配备需要均匀，不可单一施用某一种肥料，特别是氮肥，单一施用氮肥，造成枝条徒长，果实营养不足，形成水裂纹。施肥用量不宜过多，适合发育即可。
