因为三星堆遗址存在太多的不确定性与神秘感，国家就禁止了对该遗址的挖掘。
一则是保护这不可再生的文明和文物，而则是认为我国对文物的保护技术还不行，无法有效保住被挖出来的珍贵物件，故此决定让它们继续长埋地下，等到有朝一日，多方面技术成熟了，才另行挖掘。
三星堆遗址首次进行发掘是在1934年，只挖了短短十天，后来到20世纪50年代，考古人员又恢复了三星堆的考古工作，而一次长达20年的大规模的发掘工程则是发生在上世纪八九十年代后。
三星堆的两座大型商代祭祀坑出土了上千件青铜器、金器和玉石器，考古专家刚开始看到人头像、人面像、兽面具等青铜器时也是吓了一跳，在其中有高达2.62米的青铜大立人、宽1.38米的青铜面具、还有3.95米高的青铜神树。
青铜大立人重约300余斤，是世界上出土年代最早、体型最大的一件青铜器，青铜立人的双手呈一个环抱的姿势，双手似是拿着什么东西，有人认为其环管状之手便是《山海经》中所提到的“操蛇”。
青铜神树共分三层，有九枝，每个枝头上都立有一只代表太阳的神鸟。另外还有一个长1.42米、重780克的，用金条捶打成金皮后包卷而成的金杖；以及世界上独一无二的号称“边璋之王”的玉边璋。
当考古工作者清理完三星堆出土的文物，从中也感受出了许多诡异，有不少人还认为出土的文物不太可能存在3000多年前，而且在古代史料以及著录上都不曾记载过这样的神像，而且三星堆遗址的许多东西颠覆了历史学界对巴蜀文化的认识。
三星堆遗址谜点重重，即使还可以深入研究，但出于现在的技术还有限，目前出土的文物也供一番研究，因此三星堆遗址挖到一半就停止了，如此谨慎的原因也是为了保护文物，如果将来有能力再对三星堆遗址进行发掘，人们大概会更大跌眼镜
