荸荠采收后，去掉球茎表皮上的泥土和杂物，剔除病、伤球茎，摊放于砖地上12～15天，经适当晾干后，选择无损伤，无病菌的马蹄来储藏。把马蹄表皮水分晒干，注意不要晒蔫哦。
首先选择通风透气室内围池，然后，燃烧10-50克硫磺粉并密封24小时消毒。池底放1-2寸沙，沙湿润程度：捏紧成团，松手散开为宜。池四周内壁围薄膜，就可储藏晾干分级马蹄。马蹄堆至50-80厘米时，立放若干用竹编成的通气筒，利于储藏马蹄呼吸透气，减少马蹄腐烂。堆满马蹄后，马蹄上面覆盖蛇皮袋，在蛇皮袋上覆盖1-2寸沙，以保持池内马蹄有一定湿度。储藏其间经常检查，当沙发白过干要喷水。储藏室要通风透气，减少马蹄腐烂。
荸荠的成熟期，不同地区各有差异，收获挖掘的时间也不相一致。立冬过后，荸荠的地上部逐渐枯死，地下球茎停止膨大，表明球茎已成熟，即可采收。11月中旬排水落干后，当土壤不粘锄头时就可以挖掘。荸荠也可留田贮存，直至翌年清明，此期间可根据市场需要随时采收。
荸荠刚成熟就采收，球茎还未完全老熟，产量低，品质差，且不耐贮藏。
12月下旬（冬至前后）采收时，球茎皮色转深，肉质白嫩，含糖量达到最高，味甜汁多，品质最好。
越冬以后采收，球茎皮色变成黑褐色，肉质粗老，品质变差。因此，荸荠最佳采收时间在冬至和立春之间。
熟食或加工淀粉的荸荠可在11月采收，鲜食或加工制罐的荸荠可于12月至翌年2月采收，种荠可于3月下旬萌芽前挖出，带泥摊晾2～3天后再贮藏。
采收时抢晴朗天气挖收，尽可能避免机械损伤，剔除已发病的荸荠，同时将大、中、小和破损荸荠分级晾晒。
刚收获的荸荠含水量高，皮质软且脆，应做到细心挖取，轻装、轻放、轻运，以减少损伤，便于贮藏。
另外，收获时不能让太阳暴晒，避免失水过速，灼伤等造成生理性伤害，影响贮藏质量。
