乡镇企业的消亡是由多种因素造成的，主要包括：
税收问题。乡镇企业在税收方面存在不规范之处，未能充分缴纳应缴税款，而国家政策倾向于将企业、工厂集中于城市附近，以便于收税和管理1。
市场竞争。乡镇企业在九十年代后期面临来自大型资本力量的激烈竞争，难以与之竞争，同时，随着中国告别短缺经济时代，买方市场的形成导致企业平均利润下降，生产和效益向少数优势企业集中。
土地政策限制。1988年的《土地管理法》严格限制了农用地转为建设用地的行为，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护，这限制了乡镇企业的基建级别，导致企业无法在农村生存。
管理质量问题。乡镇企业普遍存在管理不善、技术落后的问题，难以适应市场经济的需求。
经济危机和金融危机的影响。90年代中后期，亚洲金融危机和国内产能过剩的问题导致市场疲软，经济持续萧条，进一步加剧了乡镇企业的困境2。
