（1）密闭沤制。因为人粪尿在贮存过程中会产生较多的碳酸铵，容易挥发损失，密闭沤制可以减少肥分损失。在密闭嫌气条件下，经过半个月到1个月，大部分虫卵、病菌将被杀死。常用的密闭沤制方式有加盖密闭的粪缸，密封的化粪池，以及沼气发酵池等。
（2）堆制腐熟。在北方农村，普遍利用人粪尿制作堆肥，如将人粪尿和碎土按一定比例，分层堆积成大粪土；或按一定比例加入作物秸秆、土和家畜粪尿制作高温堆肥。在堆制过程中用泥浆封堆，既可以防止水分、养分溢出，又可保持一定高温，杀死虫卵和病菌。
大小便可以在农田的地头挖坑将大小便倒入坑中让它自然发酵后可以当有机肥。
通常在农田地头挖坑倒入大小便，并且拌入一些土待发酵后即可当有机肥。
