1、保存条件不同：低温酸奶不能放在常温下销售，但常温酸奶却可以放在低温柜内销售。
2、保质期不同：保质期在3个月到6个月之间的是常温酸奶，保质期不到一个月的是低温酸奶。
3、低温酸奶和常温酸奶最大的区别在于是否含有“活的乳酸菌”。
低温酸奶只是在生牛乳状态时经过一道灭菌处理，发酵后不再进行灭菌处理，乳酸菌可以存活其中;而常温酸奶需要进行“巴氏灭菌热处理”，该处理方式会杀灭大部分细菌。
区别一：生产工艺不同
常温酸奶：常温酸奶的制作工艺可以总结为“巴氏灭菌热处理”几个字。是先对鲜奶进行巴氏杀菌，消灭可能的有害细菌，然后加入发酵菌发酵成酸奶，发酵好后再次进行热处理灭菌，消灭会导致酸奶变质的一切菌类，当然也包括有益菌，然后封装保存。由于这样的灭菌更加彻底，所以可以常温保存较长时间。
低温酸奶：低温酸奶相比常温酸奶的制作工艺区别则是只在生牛乳状态时经过一道灭菌处理，发酵后不再进行灭菌处理
区别二：保健功能不同
常温酸奶：含有蛋白和钙质等营养成分，特别是对于乳糖不耐受者可谓是福音，既能满足口舌之欲，又能摄入营养。同时，对于一些小孩老人以及肠胃功能较弱的人群也是不错的选择。
低温酸奶：除了富蛋白质和钙质等营养成分以外，还富含有益肠胃的有益菌成分，能够帮助肠胃消化，健胃等功能。
