垂直部门，就是垂直管理部门。也被形象地称为条条管理的部门。这些部门不受地方政府领导，而是直接由上级部门管理。
比如海关，全国的海关都由中华人民共和国海关总署领导，总署直接领导设在各省区的正厅级海关，它们称为总关，而总关直接管理县处级的隶属海关。其他垂直管理的部门还有税务、海事、气象、统计等等。
有些单位是“双重领导”的，如市县公安局，一方面，他受当地政府的领导，人事、经费，都归地方管。另一方面，省公安厅、公安部在业务上，警务高度上也有领导权。
有的是“垂直管理”或称“垂直领导”，即纵向管理。地方上没有人事权，地方政府一般不干预他的行政执法和业务活动——但，地方党委对其领导干部和工作人员有权实施监督。比如市县税务局，质监局，工商局，烟草局....
