土壤水分含量对根系发育影响很大，适宜的水分使作物根系正常发育，能够充分吸收不同土壤深度的养分，向地上部分运输。土壤水分过少或过多都能影响根系发育，从而影响根系对养分的吸收能力。
土壤水分含量对土壤中微生物活动有一定影响，土壤有机物的分解，养分形态的转化，多数都由微生物来完成。水分过多或过少，对微生物活动不利，对土壤有机物中养分的释放，以及施肥效果都有一定影响。
土壤水分能够影响施用的肥料以及土壤中原有养分的有效形态、移动和扩散的范围，从而影响植物吸收。养分在土壤中不是静止的，土壤对养分有吸收能力，或者称为吸持能力。吸收作用与土壤水分含量有一定关系，水分多少，影响土壤对养分的吸收或者解吸的数量和速度，对施肥效果产生影响。
