茼蒿采用的是多次分茬收割采收。 第一茬在茼蒿长到25厘米高左右时开始用镰刀收割采收，留茬高度1.5厘米左右。
第二茬在株高达到30厘米高时收割采收，留茬高度10厘米左右。 第三茬株高达到35厘米时收割采收，留茬高度15厘米左右。
大多采收四茬后清除根茬。
茼蒿种子是主茎的先成熟，下部侧枝后成熟，采种子时应先收顶部的，再收侧枝的。可以分2-3次进行。茼蒿采种时正值黄梅雨季节，一般待籽粒有30%发黑发黄时应及时采摘，以防霉烂。茼蒿采种方法是将种株伸入布袋里，用手将成熟种子边采边捏，散落在布袋里，然后带回放在太阳下晒3~4天，待种子充分干燥后收藏。
