喀斯特地貌的主要成分是石灰岩，石灰石在溶解时形成碳酸氢钙，呈酸性，所以喀斯特地貌的土壤是酸性的。
喀斯特地貌地面上往往崎岖不平,岩石绚丽,奇峰林立,地表常见有石芽、石林、峰林、溶沟、漏斗、落水洞、溶蚀洼地等形态；而地下则发育着地下河、溶洞.溶洞内有多姿多彩的石笋、钟乳石和石柱等。按出露条件，喀斯特地貌可划分为：裸露型喀斯特、覆盖型喀斯特、埋藏型喀斯特这三种。
由酸雨和持续增强的季风性降雨导致的土壤酸化，使得包括洞外表层土壤、洞内沉积物、洞内风化的碳酸盐岩石及落下的水滴在内的整个喀斯特生态系统的细菌菌群组成发生了显著变化。
这一变化主要与各生境中pH值、TOC和K+浓度改变有关，这些环境因素对喀斯特地貌不同生境的细菌菌群多样性和物种组成具有显著影响。
