自建房违规加层属于违法建筑，违反了相关的建筑法规，需要依法进行处理。
处理方式可能因地区、情况而异，一般情况下，有以下几种处理方式：
1.责令拆除：如果加盖的层数很多，并且已经影响到周边房屋安全的情况下，建筑部门和相关部门可能会责令拆除整座建筑。
2.修改转化：有时，建筑部门可能会要求业主依法办理相关手续进行修改和转化，使其符合法规。具体处理方式需要根据当地的有关规定而定。
3.处罚：如果违规情况严重，有可能会被处以相关罚款。
如果发现自己的房屋存在类似问题，建议及时向当地建设部门或者城市管理部门等有关部门咨询处理方式。
1、房屋建筑擅自加层将面临以下行政处罚：尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，及时改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
2、法律依据：《城乡规划法》
第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
