淮阴工学院有如下特色专业：
机械设计制造及其自动化：学院设有机械设计制造及其自动化专业，培养具有良好的机械设计制造及其自动化基础知识及应用能力的高素质应用型人才。
生物工程：学院设有生物工程专业，培养具有良好的生物工程基础知识及应用能力的高素质应用型人才。
软件工程：学院设有软件工程专业，培养具有良好的软件工程基础知识及应用能力的高素质应用型人才。
电子信息工程：学院设有电子信息工程专业，培养具有良好的电子信息工程基础知识及应用能力的高素质应用型人才。
电子科学与技术：学院设有电子科学与技术专业，培养具有良好的电子科学与技术基础知识及应用能力的高素质应用型人才。
计算机科学与技术：学院设有计算机科学与技术专业，培养具有良好的计算机科学与技术基础知识及应用能力的高素质应用型人才。
淮阴工学院特色有机械设计制造及其自动化、生物工
程，其中生物工程专业主要课程有工程化学、 生物化
学、微生物学、化工原理、生物工艺学、生物反应工
程、生物分离工程、生化设备与工厂设计、基因工
程、酶工程、细胞工程、仪器分析、生物安全、酿造
工艺学、代谢过程控制、生物质能工程等。
