冰箱保存或者焯水晒干后保存。
新鲜的水芹菜中含有较多的水分，在存放的过程中很容易滋生细菌而发生变质的情况，如果一时半会儿吃不完的话，那么建议可以将水芹菜用保鲜膜包好，然后置于冰箱的冷藏室中保存。
如果想要保存更长时间的话，那么建议可以将水芹菜焯水后晒干水分，制作成干品之后再置于阴凉、通风干燥处保存。
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冷藏保存：放到冰箱中冷藏，首先要把水芹菜用保鲜膜将其裹严实一些，然后再把放到冰箱的冷藏室里面冷藏，这种方法一般保存一个星期左右是没有问题的。
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冷冻保存：把用保鲜膜裹起来，或者是把放到保鲜袋装起来，目的是为了将其密封，然后再放到冰箱的冷冻室里面进行冷冻，冷冻完成以后可以保存几个月以上都没有问题。
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通风保存：把水芹菜放到通风处，保持空气的流通，然后每隔一小时在上面撒上一些水，以免水分流失，用这种方式来保存的话，一般一两天没有问题。
