1、原液保存
在孵化结束后，让丰年虾继续生活在孵化用的盐水中，这样可以存活2-3天左右。
2、冷藏保存
准备适量淡水（淡水用量为孵化用水的3-4倍左右），将孵化出来的丰年虾放入淡水中，然后连水带虾存放至冰箱的冷藏室内，这样可以保存3-5天左右。如果保存时间过长，丰年虾有可能会变质、腐烂，并且存活下来的丰年虾会快速衰老，外壳逐渐变硬，营养损耗较为严重。
第一种丰年虾孵化后保存的方法是：丰年虾孵化后多余的丰年虾可以不要收集出来，继续放在孵化使用的盐水中，这样可以的丰年虾成活时间一般是2~3天。浅盘孵化丰年虾卵后会较多用到这个保存方法。
冷藏丰年虾。把丰年虾放在淡水里，淡水的体积最好是孵化水体的3~4倍，然后把它们一起放入冰箱的冷藏室内，冷藏的丰年虾可以保存3~5天不死。但是，在丰年虾孵化后保存过程中，冷藏的时间过长，丰年虾幼体可能会腐败变质，并且活的丰年虾会很快老去，外壳会变硬，营养损失加大。

冰冻丰年虾。直接用针管抽出一些丰年虾卵均匀的倒入每一个小盒中（小盒可以考虑用装汤圆的盒子），这样可以使丰年虾分布均匀，然后直接冷冻。相较于冷藏，冷冻储藏的保存时间会更长一点，完全可以选择多孵化一些，然后冷冻上，这样基本一周不需要在孵化，而且喂食方便简单，每次喂食只要取出一两块，投入到水中即可。但是冷冻解冻这种丰年虾孵化后保存的方法会使丰年虾会露出组织液致使丰年虾丧失营养。
