花椒最好是选择天气比较好的时候当天晒干，这样颜色好，在晾晒期间把大部分花椒籽分离出来，一是可以更快的把花椒晒干，二是可以保证花椒的颜色不受影响，三是对后期的保存有一定的好处，可以更好的长期保存。如果是打算长期保存的话，就多晒两天，晒的时候尽量晒薄点，让每粒花椒都能充足被太阳晒到，晒干后尽量把花椒籽分离干净，最后装在密封的袋子里，存放在干燥阴凉处。
花椒发霉了就没有原来的营养和清香，就起不到调味的作用了，其中的霉菌对身体有害。所以发霉的花椒只能是扔掉。以后花椒必须放在通风干燥的地方，夏天还要经常给晒晒太阳。
