凌晨电子眼仍然会拍摄违章行为。电子眼是一种用于监控交通违法行为的设备，它可以全天候工作，无论是白天还是夜晚都能够拍摄违章行为。因此，如果在凌晨有人违反交通规则，电子眼仍然会记录并拍摄相关证据。
电子眼拍摄交通违法行为是不分时间的，只要违法行为发生，无论是白天还是晚上，都会被记录下来。但是，由于不同地区的交通管理部门的工作时间和电子眼的拍摄时间可能存在差异，因此需要根据当地的交通管理规定来确定具体的情况。
另外，在凌晨时分，由于道路交通流量相对较小，驾驶员需要注意避免超速行驶、疲劳驾驶等违法行为，以确保自身和他人的安全。同时，如果需要停车或者行驶中有其他违法行为，应该遵守交通规则，避免影响正常的交通秩序。
