DNA指纹鉴定可用于现代刑事案件，刑侦人员只需要一滴血，精液，或者是头发，几个皮肤细胞，甚至是鼻黏膜，唾液，长久的尸骨中都能随时做DNA指纹鉴定。目前已经运用DNA指纹鉴定许多的刑事案件，既让罪犯绳之已法，又让无辜者不再蒙受不白之冤。DNA指纹鉴定也可以用于鉴定移民，孤儿，难民，遇难者的身份。
但是目前DNA指纹鉴定也有其缺陷性。
第一、DNA指纹鉴定的成本高，操作困难。第二、无法揭示犯罪嫌疑人的体貌特征，如高度，种族，面容等等。科学家预言，将来的DNA研究将有能力揭示嫌疑人的体貌特征，可从一滴血中，建构其脸孔模型等体貌特征。每个国家也将颁布DNA身份证，记录持有者所有的遗传信息，这将在器官移植，输血和干细胞移植等方面发展起重大作用。
