从整体实力、特色等各方面考虑，上海工程技术大学更好一些。上海工程技术大学是“教育部卓越工程师计划”首批61所试点高校之一，同时也被列为全国12所“卓越计划”试点工作示范性高校之一。
从高水平学科宽度方面，目前上海工程技术大学硕士点24个，南京工程学院是4个；从特色看，上海工程技术大学在特色学科打造方面更突出，该校的现代（轨道）交通工程、先进材料科学、先进制造业三大学科群发展定位明确，其中现代交通工程学科包括载运工具运用工程、现代民航工程及管理、现代城市轨道交通运营工程已经被列为上海市教委高水平特色发展项目。
一定程度上，高校有自己的特色内涵，错位发展是相当不错的思路。当然，南京工程学院的学科建设也不错，自动化、热能与动力工程、电气工程及其自动化为国家级特色专业。
