主要是染色体的问题，也就是遗传性问题。因为水稻雄性不育系是一类特殊的水稻类型，其自身花器中，雄性器官发育不完善，不能形成正常的花粉，其雌性器官发育正常。因而不能自身繁殖，需要借助于外来水稻花粉才能结出种子。这就是杂交水稻形成的理论基础。
因为对于水稻来说就是雄性不育株，（雄性不育株是指雄蕊发育不正常，雄性器官退化，不能产生有正常功能的花粉，但是，它的雌蕊发育正常，能够接受正常的花粉，从而能受精结实。）雄性不育株的雄蕊没有花粉，也就是说没有生育能力，但是它的雌蕊是正常的，这样的话水稻的雌蕊就有机会接收到其他水稻雄性花蕊的花粉，这就是远亲结婚，俗称杂交水稻。
