1、两者的性质不同，撤职是行政处分，而免职是法定的人事处理种类，无惩戒性质。
2、两者的条件不同，针对违法记录情节较为严重导致国家和人民利益造成重大损失或后果的公务人员，可给予撤职；
而免职处理可以是免去现任职务，或者是职务自行免去。
3、两者导致的后果不同，撤职导致的影响有：
降低一级以上职务，并按新任职务确任对应的级别和工资；
如果是行政撤职期满解除之后，不视为恢复原有的职务、或原职级，但如果之后因表现良好职务晋升，对应的级别和工资档次则不会受原行政撤职处分的影响。
而免职，一般是不影响级别和工作的；
职务自行免除，级别和工资会受到一定的要影响，有的还会失去公职和工作。
