在于主要成分不同。
次氯酸消毒液的主要成分是次氯酸盐，而含氯消毒液的主要成分是氯化合物。
此外，两种消毒液的杀菌作用也不完全相同。
次氯酸消毒液对细菌、真菌等微生物有较好的杀菌作用，而含氯消毒液对病毒也有一定的杀灭作用。
同时，次氯酸消毒液具有快速有效、无残留、低毒性等特点，不会对环境和人体造成太大负担。
因此，在一些特定场合和对一些特定病原体的灭菌清洗方面，次氯酸消毒液也被广泛应用。
次氯酸消毒液和含氯的消毒液的差别是在于两者的所含有的原料和配方是不一样的。次氯酸消毒液主要成分是纯水加上一定剂量的次氯酸，而配置而成的次氯酸消毒液。
含氯的消毒液则比较的宽泛，比如稀释过后的84消毒液也可以称其为含氯消毒液，加入了漂白粉的消毒液也是含氯消毒液的一种。
