马皇后不是被烧死的，是因病而死的。
具体所患何病史书上没有记载，只说是她在睡觉时得病。
知道马皇后得病后，一直和她感情甚笃的朱元璋就想要找太医为她医治，而朝廷大臣也感念平日母仪天下的马皇后所以他们请求来一场祭祀为她祈福。然而知道自己时日无多的马皇后却毅然拒绝了，理由是祭祀和医生都不能续命，而且如果太医没治好她会被皇帝降罪。等到病重时，朱元璋问她的遗愿是什么，马皇后直到最后还是在劝告朱元璋，她希望朱元璋可以选贤任能，虚心纳谏。
马皇后死后，谥号为孝慈皇后，后来被两次上尊谥号。她被安葬于孝陵，也就是现在闻名于世的明孝陵。孝陵据说就是以马皇后的谥号为名，而且根据朱元璋的要求，它就是按照两人的合葬陵墓来设计，所以朱元璋死后也被安葬于此。
