特殊膳食食品生产许可证的申请流程如下：
1. 准备申请材料：包括食品生产许可证申请书、场地租赁合同、法人身份证、投资人身份证、卫生管理制度、从业人员健康证明和培训合格证、经销产品卫生批文及相关文件等。
2. 提交申请：将准备好的申请材料提交给质监局。
3. 质监局受理：质监局收到申请材料后，进行初步审核，如果材料齐全，符合要求，则受理申请。
4. 现场核查：质监局会对申请企业的生产场所进行现场核查，核实企业实际情况是否与申请材料一致。
5. 产品抽样：质监局会对企业的产品进行抽样检测，以确定产品质量是否符合相关标准。
6. 审核批复：质监局会根据现场核查和产品抽样的结果，对申请进行审核，如果符合条件，则颁发特殊膳食食品生产许可证。
需要注意的是，不同地区的具体要求和流程可能会有所不同，建议在申请前仔细阅读相关规定，并咨询当地相关部门或专业人士的意见。
