孔家南宗和北宗的区别在于有无南渡。北宋靖康之难后,孔家当时的衍圣公孔端友随宋高宗南迁,在浙江衢州落脚。至此孔家有了南宗。而那些没有跟随高宗南渡的孔氏子弟则留在了曲阜。元灭南宋后,南宗孔氏把衍圣公的爵位让给了北宗的宗弟。