用清水过滤：
用过的蛋白棉是可以重复利用的，好比空气用甲醛包，定期拿到阳光下晒晒，就可重复使用；蛋白质里的杂质比较多，使用后最好先放在清水中浸泡、洗一下，去除一些黄水和大的杂质。
用高浓度盐水浸泡：
蛋白棉初步清洗后，得将蛋白棉放于清水中，多加些盐浸泡；随着浸泡，水会变黄，而蛋白棉本身会逐渐恢复白色。
用清水再次过滤：
蛋白棉的黄色水被浸泡出来，还要放于自来水龙头后，用清水继续清洗、揉搓一下，直至完全变白、变干净。
放于阳光下暴晒：
蛋白棉最好多买几盒，轮流替换使用，用过的蛋白棉经清洗后，若暂时不用，可放在阳光下暴晒，直至完全干透，防止发霉，准备下一次使用。在暴晒过程中，要定期翻动，让其彻底晒干。
用无水酒精浸泡：
浸泡蛋白棉也可以用无水酒精浸泡，大概浸泡四个小时，黄水便可出来了；浸泡后，照样用清水洗净、晾干、晒干，待用。
检查网兜有无破损：
在浸泡清洗过程中，网兜可能会破损，所以需要注意检查，在再次放进鱼缸里时，要确保没有破损，否则鱼儿吃进蛋白棉，会引起消化不良，甚至死亡。
蛋白棉其实就是一种树脂。在化学上代号为“D301”的树脂。这是一种弱碱性阴离子交换树脂，在水中离解出弱碱性的OH离子根，可以起到吸附作用。
鱼缸蛋白棉具有很强的吸附性，对改善鱼缸水质有益，但其吸附达到饱和没有及时更换时，就会将吸附物释放，使水质的ph值改变。这是由于蛋白棉的主要成分其实是A510弱碱性吸附树脂和KDF55C滤料，它能充分吸收水中酸性物质，蛋白棉变黄时就应更换掉，否则吸附的酸质会释放，影响水质。
鱼缸蛋白棉可吸附杂质和有机物，能让鱼缸保持清洁，对于处理“黄水”效果非常显著。一般在鱼缸水质浑浊时投入使用，两三小时后鱼缸水质变清，就再将蛋白棉取出。定期换水、定期清洗滤材才是保证鱼缸水质最为根本的办法，蛋白棉的功能只能作为应急处理。
