两个词的区别在于指向不同。锦旗的含义是指用彩色绸缎制成的旗子。主要是用来授给竞赛或生产劳动中的优胜者，或者送给团体或个人，表示敬意，谢意等。
旌旗的含义则是指各种旗子。如旌旗招展等。比如说，国庆检阅，旌旗招展，那场面非常壮观气派。
锦旗和旌旗的区别在于作用不同。意义不同。指向不同。
锦旗， 锦制的旗帜。出自唐• 李贺 《河南府试十二月乐词·三月》：“军装宫妓扫蛾浅，摇摇锦旗夹城暖。”一般用彩色绸缎制成的旗子，授给竞赛或生产劳动中的优胜者，或者送给团体或个人，表示敬意、谢意等。
旌旗：亦作“ 旌旂 ”。亦作“旍旂”。亦作“旍旗”。旗帜的总称。出自《周礼·春官·司常》：“凡军事，建旌旗。” 山》词：“山下旌旗在望，山头鼓角相闻。”或借指军士。见于唐 王昌龄 《青楼曲》之一：“白马金鞍从 武皇 ，旌旗十万宿 长杨 。”
