成本会计机构的设置应考虑的因素：
1. 合规合法，内部财务会计控制应当符合国家有关法律法规和会计基础工作规范，以及单位的实际情况。
2. 全员性原则，内部财务会计控制应当约束医院内部涉及会计工作的所有人员，任何个人都不得拥有超越内部会计控制的权力。医院院长应当对该院的内部会计控制的建立健全及有效实施负责。
3. 内部财务会计控制应当涵盖医院内部涉及会计工作的各项经济业务及岗位。并应针对业务处理过程中关键控制点。落实到决策、执行、监督、反馈等各个环节。
4. 内部财务会计控制应当遵循成本效益原则，以合理的成本达到最佳的控制效果。
首先是要了解工艺流程，要有定额对比，和实际发生额的对比
