1、叶片不同，等待叶子展开后观察叶子是否有分叉，没有分叉的是丹皮；基本会分叉的则是牡丹。
2、根系不同，丹皮有明显的肉质根特性，即便植株比较大，分根也很少，只会往下发展，且根系不发达，一般只有一根主根，牡丹的根系则比较发达，几乎四面八方都是分根，并且须根多。所以根系比较多的就是牡丹。
3、枝条的区别，丹皮的枝条比较少，长的也较为笔直，且每个芽之间的芽间距比较长，等到秋季时杆径会变的比较空，还很容易脱皮；牡丹的枝条有很多，长的不是很直，有微微弯曲的现象，每个芽之间的芽间距很短，枝条不容易脱皮且比较光滑。
4、花朵颜色不同，丹皮是白色的花朵，花较小，单瓣；牡丹的花朵很大，花瓣数量多，品种很丰富，色彩变化多样。
5、结种不同，会结种子的是丹皮；一般不会结种子的是牡丹。
丹皮花是中药材，牡丹花是观赏性花。
