百香果可以自花授粉，它的花朵外围有一圈紫色的须条，鲜艳且宽大，自花授粉时雌蕊外围的须条能接住雄蕊掉下来的花粉，或者吸引来的昆虫能帮助传粉。不过肯定还是不如人工授粉的成功率高。人工授粉直接用毛笔蘸取雄花花粉涂到雌花柱头上就行，若是成功三天就能长出小果子。
百香果的开花时间在早上9点之后，持续大概两小时，11点过就会闭合，因此给它授粉就要在开花的两个小时。授粉时用棉签，毛笔或是纸巾蘸取雄蕊的花粉，然后涂到雌蕊的柱头上面。它通常都是三个雌蕊，要注意挨个涂。若是授粉成功大概三天后就能看到已经长出小果子，并且半月内就会迅速长大。若是失败，一般两天花就会掉落。
