一、定义不同
二、组成不同
三、成份不同
四、作用不同
细胞质基质的主要功能是：为各种细胞器维持其正常结构提供所需要的离子环境，为各类细胞器完成其功能活动供给所需的一切底物，同时也是进行某些生化活动的场所。提供细胞器的稳定微环境。影响细胞的形状。
细胞质基质和细胞质都是组成细胞的重要成分，在细胞的生理活动中起着重要作用，但它们有一些区别：
1. 细胞质指的是细胞膜与细胞核之间的所有细胞内部分，包括细胞器、细胞骨架、溶质以及细胞质基质等，是细胞内所有可见的物质的总称。
2. 细胞质基质只是细胞内液体之一，占据了细胞内总体积的一部分，不包括细胞器等其他细胞结构，是细胞质的一部分。
3. 细胞质基质是细胞内环境的主要组成部分之一，由水、无机盐、营养物质和有机分子（如葡萄糖、脂质、蛋白质等）组成，起到储存和传递物质以及维持细胞内化学环境平衡的作用。
4. 细胞质则指细胞的内部结构和细胞器，如线粒体、内质网、高尔基体、溶酶体等，还包括微管、微丝等细胞骨架结
