《口袋妖怪最强进化3.0》一共有81种神奇宝贝。
NO.001（妙蛙种子）：101号道路草地
NO.002（妙蛙草）：妙蛙种子16级进化
NO.003（妙蛙花）：妙蛙草32级进化
NO.004（小火龙）：102号道路草地
NO.005（火恐龙）：小火龙16级进化
NO.006（喷火龙）：火恐龙36级进化
NO.007（杰尼龟）：103号道路草地
NO.008（卡咪龟）：杰尼龟16级进化
NO.009（水箭龟）：卡咪龟36级进化
NO.010（绿毛虫）：橙华森林
NO.011（铁甲蛹）：绿毛虫7级进化
NO.012（巴大蝴）：铁甲蛹10级进化
NO.013（独角虫）：橙华森林、104路
NO:014（铁壳昆）：独角虫7级进化
NO.015（大针蜂）：铁壳昆10级进化
NO.016（波波）：104号道路
NO.017（比比鸟）：波波18级进化
NO.018（比雕）：比比鸟36级进化
NO.019（伊裴尔塔尔）：脐之岩剧情捕捉
NO.020（拉达）：123号道路
NO.021（烈雀）：116路
NO.022（大嘴雀）：烈雀20级进化
NO.023（阿柏蛇）：炎之密道
NO.024（阿柏怪）：阿伯蛇22级进化
NO.025（皮卡丘）：沙壶乐园，橙华森林
NO.026（雷丘）：皮卡丘使用月石
NO.027（豪喇花枝）：128、129路
NO.028（乌贼王）：豪喇花枝30级进化
NO.029（阿尔宙斯分身）：开启三神柱洞穴（小岛横穴）
NO.030（阿尔宙斯分身）：开启三神柱洞穴（沙漠遗迹）
NO.031（阿尔宙斯分身）：开启三神柱洞穴（古代坟墓）
NO.032（阿尔宙斯分身）：废弃船
NO.033（阿尔宙斯分身）：对战开拓区
NO.034（盖诺赛克特）：彩幽市剧情
NO.035（皮皮）：卡绿隧道
NO.036（皮可西）：皮皮用月亮石进化
NO.037（六尾）：送神火山山腰
NO.038（九尾）：六尾使用日石
NO.039（胖丁）：115号路
NO.040（胖可丁）：胖丁用月亮石进化
NO.041（超音蝠）：石之洞窟
NO.042（大嘴蝠）：流星瀑布，海底洞窟
NO.043（黏黏宝）：117号道路草地
NO.044（黏美伊儿）：黏黏宝40级进化
NO.045（黏美露龙）：黏美伊儿50级进化
NO.046（mega勾魂眼）：勾魂眼用X石
NO.047（mega超梦Y）：超梦用Y石
NO.048（达克莱伊）：南岛
NO.049（克雷色利亚）：南岛
NO.050（阿尔宙斯）：布告石室剧情
NO.051（mega暴雪王）：暴雪王用X石
NO.052（喵喵）：102号道路草地
NO.053（猫老大）：喵喵28级进化
NO.054（可达鸭）：122、123水路
NO.055（哥达鸭）：可达鸭33级进化
NO.056（猴怪）：115路
NO.057（火爆猴）：猴怪28级进化
NO.058（卡蒂狗）：送神火山山腰
NO.059（风速狗）：卡蒂狗用日石进化
NO.060（帕路奇犽）：反转世界
NO.061（骑拉帝纳）：反转世界
NO.062（帝牙卢卡）：反转世界
NO.063（凯西）：石之洞窟、116路
NO.064（勇吉拉）：凯西16级进化
NO.065（胡地）：勇吉拉36级进化
NO.066（腕力）：碎山石路
NO.067（豪力）：腕力28级进化
NO.068（怪力）：豪力36级进化
NO.069（花蓓蓓）：103号路
NO.070（花叶蒂）：花蓓蓓19级进化
NO.071（花洁夫人）：花叶蒂使用月石
NO.072（玛瑙水母）：103号道路水面
NO.073（毒刺水母）：冠军之路水面，废弃船垂钓
NO.074（小拳石）：各个山洞
NO.075（隆隆石）：小拳石25级进化
NO.076（隆隆岩）：隆隆石36级进化
NO.077（小火马）：炎之密道
NO.078（烈焰马）：小火马40级进化
NO.079（呆呆兽）：121号道路
NO.080（呆河马）：呆呆兽40级进化
NO.081（小磁怪）：新银叶门口

