《卧底归来》中,晓智怀孕的孩子是其前夫杨子刚的。在剧中,晓智曾经与杨子刚相爱并结婚,但是后来两人因为工作原因感情破裂而离婚。然而,在怀孕的过程中,晓智和杨子刚重新走到了一起。最终,晓智生下了一个男孩,孩子的父亲就是杨子刚。