尼尔机械纪元 和 龙背上的骑兵3 有什么关系

没关系。世界观上，他们属于相连的不同世界。尼尔机械的剧情是尼尔伪装者的后续。尼尔伪装者的剧情接龙背1的分支（龙背主角从古代世界穿越到尼尔的现代世界，是同一时间点的不同世界。然后导致了人类的灾难）