词汇的属性不同。
函复,就是用一个函回复收到的函,词性属于动词,是机关单位收到来函而必须做出的规定动作,有收就有回。
复函,是个联合词组,侧重点是函,强调函的性质,是因为什么才会有这个函,这个函是答复某个来函才发出的,在词性上属于名词。