首先焚书坑儒，是二件事，司马迁史记：“焚诗书，坑术士”，到东汉之后改简称为；“焚书坑儒”，这是伴随秦始皇一生直至今天的历史污点之一。
秦始皇秦嬴政统一六国以后，秦始皇三十四年（公元前213年），始皇置酒咸阳宫，博士七十人前为寿。仆射周青臣进颂曰：“他时秦地不过千里，赖陛下神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。自上古不及陛下威德。”始皇悦。博士齐人淳于越进曰：“臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣 ——《史记·秦始皇本纪》
李斯批评淳于越说，一旦实现分封制，到时出现诸侯纷争，导致国家动乱，重回战国时期，李斯坚决赞同秦始皇的郡县制。丞相李斯加以驳斥，并主张禁止百姓以古非今，以私学诽谤朝政。李斯认为为什么现在还出现支持分封制，是因为博士们读书有问题，建议不是秦国的其它史书全部烧毁，除了博士要读的书以外的诸子百家的书都要集中烧毁，谁再敢读这些诗书，妄议朝政，一律处死，官员知而不报，亦同罪。秦始皇采纳李斯的建议，下令焚烧《秦记》以外的列国史记，对不属于博士馆的私藏《诗》、《书》等也限期交出烧毁；有敢谈论《诗》、《书》的处死，以古非今的灭族；禁止私学，想学法令的人要以官吏为师。（但是秦始皇焚书并未焚烧医学、农牧等技术实用书籍）。此即为“焚书”。本为“分封制”和“郡县制”的争辩，最终导致焚书令的产生。这是中国一场文化浩劫，也被认为是秦始皇和李斯的一大罪状之一。
第二年，公元前212年两个术士（修炼功法炼丹的人）燕地侯生和卢生因为帮秦始皇修炼长生不老药不成，被秦始皇怪罪，心生不悦，暗地里诽谤秦始皇：刚愎自用，不听别人意见，还拿了秦始皇很多钱财，而且保密工作没做好，被人举报，并亡命而去。秦始皇得知此事，大怒，派御史调查，审理下来，得犯禁者四百六十余人，全部“焚书坑”及“坑儒谷”遗址坑杀。此即为“坑儒”。两件事合成“焚书坑儒”。
