东莞市国家税务局于1994年9月底税务机构分设后成立，2009年规范机构设置后，在系统内设置13个行政科室，分别是：办公室、政策法规科、货物和劳务税科、所得税科、收入核算科、纳税服务科、征收管理科、财务管理科、人事科、教育科、监察室、大企业和国际税管理科、进出口税收管理科；3个直属机构，分别是：稽查局、车辆购置税征收管理分局、直属税务分局，另设4个跨区稽查局，分别为第一至第四稽查局；3个事业单位，分别是：信息中心、机关服务中心、票证中心；派出机构共33个，名称为东莞市国家税务局××税务分局，为正科级建制。目前，全系统共有在职干部职工700多人，管辖全市25万多户纳税户。
