区别如下：
1.报名及考试时间不同
申硕硕士一般是在每年的三月份报名，五月份考试，而全国统招的在职研究生则与全日制研究生的报名及考试时间相同，即每年的十月份报名，下年的一月份考试。
2.教育类别不同
申请硕士属于先入学后考试的、非脱产的非学历教育，而全国统招的在职研究生属于半脱产或全脱产的研究生学历教育。
3.在获取证书上有所不同。
申硕因为属于非学历教育，所以在毕业后只能获取单证，即硕士学位证书。而全国统招的在职研究生为学历教育，录取后经学习合格毕业后可获得双证，即毕业证书和硕士学位证书。此外后者还可以以同等学力人员的身份申请硕士学位，经考核合格后可获得由国务院学位办统一印制的硕士学位证书（和通过考试如下的硕士研究生所获得的学位证书也是一样的）。
