支线任务大概分三大类：
妓女任务：妓女从一些来“光顾”她们的罗马高官那里取得情报，然后就告诉主角Ezio，让主角去刺杀某些红衣教士或者官员的任务。
盗贼任务：与刺客信条2不同，兄弟会里面活跃于罗马的盗贼集团有两个，一个是主角可以雇佣的普通小偷，另一个就是与主角作对的，中文翻译“百眼帮”的盗贼集团，所以盗贼支线任务大部分都是和百眼帮干架、暗杀百眼帮、抹杀与百眼帮有关系的人为主的。
佣兵任务：由于兄弟会里面的佣兵长和主角一样都是刺客同门，所以佣兵任务有部分是抹杀圣殿骑士特务，有部分是帮助佣兵长抗击法国军队，和主线有一定关联，都是为了推翻头号Boss西泽尔。
