有观点认为李舜臣是副手，实际指挥是明朝水师提督陈璘。
这是对史料不了解或者未读史料而造成的混淆。鸣梁大捷确实是李舜臣打的，也没有明军参与。陈璘指挥的海战是鸣梁海战不久之后的另一场露梁海战，这是由中朝联军打的。另有观点争议日水军主力究竟是哪场战争消灭的，是鸣梁海战还是露梁海战。笔者查阅史料发现，鸣梁海战并没有宣称消灭日水军主力，恐怕是网上以讹传讹。鸣梁海战出名是因为其以少胜多，利用天时和地形设下伏击，打了一场漂亮的战役。而日海军主力则是在露梁海战被歼灭。另有观点对朝鲜水师以十二艘战船对日军一百三十余艘战船取得如此战绩表示不解。这也是对史料不了解，对当时海战不了解造成的。首先李舜臣并非硬碰硬的以十二艘船去攻击一百三十余艘。而是凭借对环境和气候的熟悉，事先设下伏击地点，将日水军引诱至鸣梁海峡，在水下还设有木桩铁索。其次，李舜臣的十二艘是战船，另还动用了一百余艘民船，加以改装。而日军一百三十余艘也是战船，后来还跟有两百艘后勤船。这样数量差距并不是太大。龟船是全封闭结构，铁制护板，顶盖四周有尖刺，船头有大铳，不惧近战。日呈秀吉之对龟船的描述是：“朝鲜人水战大异陆战，且战船大而行速，楼牌坚厚，铳丸俱不能入。我船遇之，尽被撞破。”。而史载日海军战法以投掷焙烙和焙烙火矢为主，并无炮火。对铁甲船难以造成伤害。在加上二百后勤船只几乎无战斗力，所以朝鲜水师以少胜多大捷。关于朝鲜水师和日本水师舰船数量的争议。有诸多说法，更有一些说法完全脱离史料。依据史料记载，比较正确的是，朝鲜水师方面，战船12-13艘，另动用改装民船100余艘。日本水师方面，战船130余艘，另有后勤船200艘。
