哈尔滨工程大学青岛校区设置6个学院，1个中心，12个一级学科（博士点和硕士点），10余个本科专业。船舶与海洋工程学院、动力与能源学院、电气工程学院、海洋信息学院、海洋科学学院与海洋材料学院和基础教学中心将落户青岛校区。在学科设置方面，青岛校区将重点建设与船舶与海洋、舰船动力，海洋信息、核科学与技术四个一流学科群相关的高技术船舶、海洋运载器技术、海洋工程技术、水下作业技术、浅海探测与通信大科学工程、智能船舶与数值海洋、船舶动力技术、舰船减振降噪技术、绿色制造与海洋新能源技术、海洋信息与通信、海洋运载器导航与控制、海战场信息对抗、新材料、节能环保、生物医学等学科方向以及相关专业。
