霉鱼的制作方法主要有两种，一种是晾霉，另一种是鲜霉。两者的做法有所相似，都需要将新鲜活鱼破肚，去鱼鳞，掏空内脏，洗净后进行腌制。
对于晾霉的方法，首先将鱼肉切成适当大小的块状，加入盐、堆花酒、生姜腌制2-4小时。然后裹上辣椒末放入油中炸至两面金黄。另一种做法是，将鱼肉剁成块，抹上生抽和盐腌制10-30分钟，之后放进辣椒粉里滚一圈，装瓶/袋密封，放进冰箱冷藏，过两天即可食用。
鲜霉的方法则是在稻禾杆上放置一段时间（稻禾杆带有特别的有益发酵菌会形成特别的风味，另外可以隔开鱼肉放置后出的水又顺带提供发酵保湿环境），再进行腌制。
无论哪种方法，制作过程中都需要注意鱼肉的风干和密封保存，以促进霉菌的生长并增添独特的风味。
