斯特林发动机技术相对简单、成熟，噪音和振动都比较低，但是因为本质上还是依靠燃烧来获取动力，需要耗氧，因此需要额外携带液氧。另外，因为外燃机本身具有的动力响应速度慢的特性，当发动机负载发生变化时（比如要加速或者减速），不是马上就有反应的，而是有一定时间差。打个比方就是，无论你是一脚油门踩下去还是一脚刹车踩下去，都要过会儿才能开始加速/减速。还有就是需要额外增加舱段，增加潜艇排水量。
燃料电池工作完全没有噪音和振动，也没有明火，是依靠催化剂直接转化氢氧，并在这个过程中释放电能。缺点一是需要同时携带液氢液氧，危险性比较高；二是催化剂目前来说很贵（目前催化效率最高的是铂，而且用量还不低）。顺便提一句，燃料电池有氢燃料电池和甲醇燃料电池两种，但是潜艇用都是选择氢燃料电池，好像没有选择甲醇燃料电池的。
