区别主要有三个方面：选拔途径不同、有无科分不同、任职不同。首先，恩进士是通过乡试选拔的，而进士则分为一、二、三甲，分别称状元、榜眼、探花。其次，恩进士没有参加会试、殿试的资格，而进士则需要参加会试、殿试才能获得资格。最后，恩进士的含金量不高，只能作为家族里面吹一下牛逼的谈资，而进士则可以作为正式文职官员的选拔对象。
恩进士是特科，进士试是常科。科举考试分为常科和恩科，二者级别一样。中国古代科举考试每三年举行一次，能考取进士，必须经过童子试、乡试、会试，成为“秀才”、“举人”、“贡士”，才能接受皇帝亲试，成为进士。
一般在新皇帝登基，或国家有较大喜事，为了表示皇家对读书人的体惜，都会在常科之外，再举行一次考试，这种考试称为恩科。
