共打入48个进球。
贝尔巴托夫第一次代表国家队比赛是在1999年对希腊的友谊赛中，当时他只有18岁。从那时开始，他就取代赫里斯托·斯托伊奇科夫成为了保加利亚队主力射手。在2000年2月与智利的友谊赛中他打入了代表国家队的第一粒进球。
贝尔巴托夫的进球以及优异表现正是保加利亚能够在2004年欧锦赛预选赛上晋级的主要原因之一。他在六场比赛中五次破门，包括在对克罗地亚队和比利时队的比赛中打进关键进球。
2004年，贝尔巴托夫作为保加利亚国家队的主力前锋参加了2004年欧洲杯比赛，这是他第一次也是唯一一次代表国家队出战大型洲际比赛。但是保加利亚队表现糟糕，首战就0-5大败于瑞典队、次战败于丹麦，第三场小组赛保加利亚队在已经铁定出局的情况下对阵意大利队时反而表现不错，贝尔巴托夫为球队创造了一个点球，但保加利亚在补时阶段被意大利逆转。贝尔巴托夫在这届比赛中没有进球。

从2006年开始，贝尔巴托夫担任了保加利亚国家队队长。2009年10月14日，贝尔巴托夫在保加利亚对阵格鲁吉亚的世界杯预选赛中上演了帽子戏法，助球队6-2大胜。2009年11月18日，贝尔巴托夫在保加利亚对阵马耳他的比赛中独进两球，使得自己在国家队的进球数提高到了48个，超越了1970年代的保加利亚球星博内夫，成为了保加利亚国家队历史上的头号射手。2010年5月，贝尔巴托夫正式宣布退出保加利亚国家队。
